Sidst opdateret: 05.04.24
international variant guide!Igloo Rats har udgivet en guide til det internationale publikum, og man finder billeder af mange forskellige varianter. Guiden er ikke lands-specifik, men derimod en repræsentation af internationale geno- og fænotyper. Guiden tager udgangspunkt i de litterære studier, og genotyperne fra disse studier bruges for, at gøre siden så faktuel korrekt som mulig - denne tilgang er også brugt her på siden.
|
Basal genetik forståelse
Hvad er genetik?
"Genetik er det delområde af biologien, som beskæftiger sig med arvematerialets opbygning, funktion, videreførelse fra forældre til afkom samt ændringer og variation." [Link]
Som opdrætter er man ansvarlig for, at avle på omhu og fornuft. Man skal udvikle en basal forståelse for genetik, da man som opdrætter er herre over den standard af rotter man producere i sit opdræt. Når man forstår genetik vil man foretage flere kompetente valg i opdrættet, og sikre den gode arv.
Ligesom udseendet, så nedarves helbred og temperament også fra forældrene. Man skal ikke misledes til at tro, at genetik kun har med genotyper og fænotyper at gøre. Visse sygdomme og temperamenter er arvelige, og selvom de i stor grad også er miljøbetinget, så er de hardcoded i rottens DNA.
God opvækst og en sund livsstil kan nedsætte risikoen for, at uønskede gener kommer til overfladen og skaber problemer. Man kan altså gennem god opvækst og sund livsstil undertrykke dele af genetikken, så den ikke opleves, men man kan ikke slette den, og den kan stadig videregives.
Denne genetik side fokusere kun på udseendet, og de gener, som vi arbejder med i hobbyen.
"Genetik er det delområde af biologien, som beskæftiger sig med arvematerialets opbygning, funktion, videreførelse fra forældre til afkom samt ændringer og variation." [Link]
Som opdrætter er man ansvarlig for, at avle på omhu og fornuft. Man skal udvikle en basal forståelse for genetik, da man som opdrætter er herre over den standard af rotter man producere i sit opdræt. Når man forstår genetik vil man foretage flere kompetente valg i opdrættet, og sikre den gode arv.
Ligesom udseendet, så nedarves helbred og temperament også fra forældrene. Man skal ikke misledes til at tro, at genetik kun har med genotyper og fænotyper at gøre. Visse sygdomme og temperamenter er arvelige, og selvom de i stor grad også er miljøbetinget, så er de hardcoded i rottens DNA.
God opvækst og en sund livsstil kan nedsætte risikoen for, at uønskede gener kommer til overfladen og skaber problemer. Man kan altså gennem god opvækst og sund livsstil undertrykke dele af genetikken, så den ikke opleves, men man kan ikke slette den, og den kan stadig videregives.
Denne genetik side fokusere kun på udseendet, og de gener, som vi arbejder med i hobbyen.
DNA
DNA står for Deoxyribonukleinsyre, fra det engelske ord DeoxyriboNucleic Acid, og er et molekyl, der bære på den genetiske information, som koder for vækst, udseende, neurologisk funktion, helbred og temperament. Det er i DNA sekvensen vi finder kromosomerne. Kromosom Kromosomer er komplekse strukturer, der indeholder gener, som koder for specifikke funktioner i rotten. Rotter har 42 kromosomer i alt; 20 autosomer og 1 kønskromosom fra hver forældre. Kromosomerne indeholder mange forskellige gener, der koder for forskellige proteiner eller er involveret i forskellige funktioner. Gen Gener kan findes mange steder på rottens kromosomer, og hvert gen koder for specifikke funktioner eller proteiner i rotten. Gener er placeret bestemte steder på sit kromosom, og den placering kaldes et locus. Et locus (flertal: Loci) Locus er den præcise position på et kromosom, hvor et gen er lokaliseret. Genets "adresse" på sit kromosom. Hvert kromosom indeholder mange forskellige loci, og hvert locus kan indeholde et wildtype allel (det "normale" gen), samt en eller flere muterede versioner af wildtype allelen. En allel (flertal: Alleler) Alleler er muterede versioner af wildtype allelen, hvad end det er dominant eller recessivt af karakter. Kombinationen af disse alleler kan resultere i forskellige fænotypiske træk, og kan enten være homozygot eller heterozygot i karakter. Homozygot En rotte er homozygot for et bestemt allel, hvis rotten bære 2 kopier af samme gen. Dette kan enten være to dominerende alleler eller to recessive alleler. Ordet kan opdeles i 2 ord, homo og zygot; homo betyder ens, og zygot betyder æg/celle, altså betyder homozygot "ens celle". Heterozygot En rotte er heterozygot for et bestemt allel, hvis rotten bærer to forskellige kopier af samme gen. Ordet kan opdeles i 2 ord, hetero og zygot; hetero betyder forskellig, og zygot betyder æg/celle, altså betyder heterozygot "forskellig celle". |
Genotype
Genotype refererer til den genetiske sammensætning af gener og alleler, som vi arbejder med hos rotterne. Fænotype Fænotypen beskriver de observerbare karaktertræk også kaldet "variant"; altså farve, pelstype, øre type, aftegning og kropstype. Komplet dominans På engelsk: complete dominance. En heterozygot tilstand, hvor et dominant allel dominere over en recessiv allel, så kun det dominante allel kommer til udtryk i fænotypen. Eksempel: Aa - A er komplet dominant over a, og kun A allelet kan ses i fænotypen. Semi-dominans På engelsk: incomplete dominance. En heterozygot tilstand, der resulterer i en fænotype, der er en blanding af begge alleler. Det er som at krydse en gul og rød blomst og få en orange. Eksempel: Hh - H er semi-dominant over h, og begge alleler kan ses i fænotypen. Co-dominans På engelsk: co-dominance. En heterozygot tilstand, der ikke eksisterer hos rotter, men resulterer i en fænotype, hvor begge alleler visuelt kan ses men ikke er en mellemting mellem de to. Det er som at krydse en gul og en rød blomst, og få en rød og gul plettet blomst. Recessiv Et recessivt gen manifesterer sig kun visuelt, når to kopier af det recessive allel er til stede på sit locus. Det kræver altså fraværet af et dominerende allel for at vise sin effekt. Recessive alleler kan bæres, og derfor kan recessive alleler komme til udtryk i den næste generation eller mange generationer senere. Eksempel: aa - a i homozygot tilstand resulterer i fænotypen Black. Hypostatiske gener Hypostatiske gener afhænger af et andet locus for at komme til udtryk i fænotypen. Der findes 4 kendte hypostatiske gener hos rotter: Burmese og Black Eye, som udtrykkes i forbindelse med recessiv C-locus, og Pearl og Merle, som udtrykkes i forbindelse med Mink, Mock Mink og Aussie Mink. Hvis rotten besidder et af de hypostatiske gener, men mangler de nødvendige recessive alleler for at komme til udtryk kaldes dette for "skjult" (unexpressed). Eksempel: Bubu - Bu allelet er dominant, men kommer kun til udtryk, når rotten er C locus baseret, fx chch. Er rotten C* baseret vil Bubu genotypen ikke kunne komme til udtryk, da den rette "døre ikke er blevet åbnet for", og rotten defineres som skjult Burmese eller unexpressed Burmese. Epistatiske gener Epistatiske gener overtager fænotypen ved at modificere udtrykket af andre loci. Eksempel: cc - i homozygot tilstand resulterer det i fænotypen Albino, som undertrykker alle andre pigmenterings loci. |
En hjælpende hånd i form af en analogi
Har man svært ved at lære de basale terminologier ud fra tekst, så kan man bruge følgende analogi for at forstå sammenhængen mellem de forskellige termer.
Vi kan tage denne analogi ét skridt videre, og antage at huset er malet baseret på, hvem bor inden i huset.
Jeg håber dette hjælper.
Har man svært ved at lære de basale terminologier ud fra tekst, så kan man bruge følgende analogi for at forstå sammenhængen mellem de forskellige termer.
- Forestil dig en by, der repræsenterer en rottes DNA.
- Hver vej i byen repræsenterer et kromosom. En rotte har 22 kromosomer, svarende til 22 veje.
- Hvert hus i byen repræsentere et gen. En rotte har et utal af gener på hvert kromosom, så der er også et utal af huse.
- Hver adresse repræsentere et locus. Vi kender "adressen" på mange forskellige "huse"(gener), som påvirker fænotypen.
- Hvert hus har 2 beboere, som repræsentere de 2 alleler, der er nedarvet fra rottens forældre; et allel fra hver.
Vi kan tage denne analogi ét skridt videre, og antage at huset er malet baseret på, hvem bor inden i huset.
- Hver beboere i huset repræsentere de 2 alleler, som er nedarvet fra hver forældre.
- På Vej 1(kromosom 1) finder vi en del forskellige huse, men i dette eksempel køre vi til Hus A's adresse.
- I Hus A bor der én af tre mulige "par: "AA", "Aa" eller "aa". Parret har betydning for, hvordan huset ser ud, og da A er komplet dominant over a vil "A Huset" altid være Agouti, hvis der bor blot ét A i huset. Bor der derimod 2 små a'er, så vil huset være Black.
Jeg håber dette hjælper.
genkode oversigt
Hvordan skrives en genkode?
Der er flere måder at skrive sin genotype på. De to metoder skrives med eller uden skråstregen, fx A/A eller AA. Skråstregen kan hjælpe nybegyndere med at hurtigt kunne tyde, at der er tale om 2 separate alleler på samme locus.
Superscript tegnet
Jeg bliver nødt til at nævne superscript tegnet ( ^ ), da der stadig florere en del misinformation omkring, hvad dette tegn betyder og selve funktionen af tegnet. Tegnet er faktisk ret simpelt, og bruges til at indikere at det efterfølgende bogstav er hævet; fx ville hᵉ allelet skrives som h^e for at indikere, at e'et er hævet.
Man kan dog helt undlade superscript tegnet, som vi allerede gør med C locus allelerne; ct, cm og ch, som ellers skulle være c^t, c^m og c^t.
Vi ser superscript tegnet brugt på C locus, Hooded locus og Fuzzy locus, da alle disse loci indeholde mere end ét recessivt allele.
Det er en udbredt misforståelse at tegnet betyder at det efterfølgende bogstav er "vedhæftet" det første bogstav, og på en måde kan hæftes af igen, og påhæftes et andet allel. Jeg kan ikke understrege nok, at man ikke kan skille de to bogstaver fra hinanden, da de som helhed udgøre én allel; h^e er ligeså meget et allel i sin egen ret, som H og h.
Superscript tegnet har været årsag til at mange misinformationer, derfor har jeg valgt at undlade tegnet i oversigt nedenfor for at gøre det så simpelt som muligt at lære hvert allel at kende.
Følgende oversigt er baseret over evidensbaseret data, som omtalt i videnskabelige undersøgelser.
Der er flere måder at skrive sin genotype på. De to metoder skrives med eller uden skråstregen, fx A/A eller AA. Skråstregen kan hjælpe nybegyndere med at hurtigt kunne tyde, at der er tale om 2 separate alleler på samme locus.
Superscript tegnet
Jeg bliver nødt til at nævne superscript tegnet ( ^ ), da der stadig florere en del misinformation omkring, hvad dette tegn betyder og selve funktionen af tegnet. Tegnet er faktisk ret simpelt, og bruges til at indikere at det efterfølgende bogstav er hævet; fx ville hᵉ allelet skrives som h^e for at indikere, at e'et er hævet.
Man kan dog helt undlade superscript tegnet, som vi allerede gør med C locus allelerne; ct, cm og ch, som ellers skulle være c^t, c^m og c^t.
Vi ser superscript tegnet brugt på C locus, Hooded locus og Fuzzy locus, da alle disse loci indeholde mere end ét recessivt allele.
Det er en udbredt misforståelse at tegnet betyder at det efterfølgende bogstav er "vedhæftet" det første bogstav, og på en måde kan hæftes af igen, og påhæftes et andet allel. Jeg kan ikke understrege nok, at man ikke kan skille de to bogstaver fra hinanden, da de som helhed udgøre én allel; h^e er ligeså meget et allel i sin egen ret, som H og h.
Superscript tegnet har været årsag til at mange misinformationer, derfor har jeg valgt at undlade tegnet i oversigt nedenfor for at gøre det så simpelt som muligt at lære hvert allel at kende.
Følgende oversigt er baseret over evidensbaseret data, som omtalt i videnskabelige undersøgelser.
Agouti locus | Agouti
Kromosom 1 A/A = Agouti (wildtype) A/a = wildtype, non-agouti (Black) bære a/a = Non-agouti (Black) Am locus | Aussie Mink Kromosom * Am/Am = wildtype Am/am = wildtype, Aussie Mink bære am/am = Aussie Mink Brown locus | Chocolate Kromosom 5 B/B = wildtype B/b = wildtype, Chocolate bære b/b = Chocolate Be locus | Black Eye, hypostatisk dominant Kromosom * Be/Be = Black Eye Be/be = Black Eye be/be = wildtype Bu locus | Burmese, hypostatisk dominant Kromosom * Bu/Bu = Sable Bu/bu = Burmese bu/bu = wildtype Color locus | Color Kromosom 1 C/C = wildtype C/ct = wildtype, Tonkinese bære C/cm = wildtype, Devil bære C/ch = wildtype, Himalayan bære C/c = wildtype, Albino bære ct/ct = Tonkinese ct/cm = Tonkinese Devil ct/ch = Tonkinese ct/c = Tonkinese cm/cm = Devil cm/ch = Devil cm/c = Devil ch/ch = Siamese ch/c = Himalayan c/c = Albino Curly locus | Velveteen Kromosom * Cu/Cu = Dobbelt Velveteen Cu/cu = Velveteen cu/cu = wildtype |
Dilute locus | Russian Blue
Kromosom 8 D/D = wildtype D/d = wildtype, Russian Blue bære d/d = Russian Blue Du locus | Dumbo Kromosom 14 Du/Du = wildtype Du/du = wildtype, Dumbo bære du/du = Dumbo Dw locus | Downunder Kromosom 3 Dw/Dw = resultere i foster resorption Dw/dw = Downunder dw/dw = wildtype Der findes ikke en standardiseret genotype Frizzy locus | Fuzz Kromosom 1 Fz/Fz = wildtype Fz/fzcr = wildtype, Fuzz bære Fz/fzh = wildtype, Fuzz bære frcr/frcr = Fuzz (mest fuzzy pels) frcr/frh = Fuzz (lidt fuzzy pels) frh/frh = Fuzz (ingen fuzzy pels) Gray locus | Blue Kromosom * G/G = wildtype G/g = wildtype, Blue bære g/g = Blue Hooded locus | Hooded Kromosom 14 Se sektionen "Hooded locus" længere nede. Longhair locus | Harley Kromosom * L/L = wildtype L/l = wildtype, Harley bære l/l = Harley Lt locus | Lustrous (Satin 2) Kromosom 3 Lt/Lt = wildtype Lt/lt = wildtype, Lustrous bære lt/lt = Lustrous Mink locus | Mink Kromosom 1 M/M = wildtype M/m = wildtype, Mink bære m/m = Mink |
Ma locus | Marble
Kromosom * Ma/Ma = resultere muligvis i foster resorption* Ma/ma = Marble ma/ma = wildtype Me locus | Merle Kromosom 1 Me/Me = resultere i foster resorption Me/me = Merle me/me = wildtype Mo locus | Mock Mink Kromosom 1 Mo/Mo = wildtype Mo/mo = wildtype, Mock Mink bære mo/mo = Mock Mink Pink Eye Dilution locus | Pink Eyes Dilution Kromosom 1 P/P = wildtype P/p = wildtype, Pink Eye Dilution bære p/p = Pink Eye Dilution (PED baseret) Pe locus | Pearl Kromosom 1 Pe/Pe = resultere i foster resorption Pe/pe = Pearl pe/pe = wildtype Red Eye Dilution locus | Red Eyes Dilution Kromosom 1 R/R = wildtype R/r = wildtype, Red Eye Dilution bære r/r = Red Eye Dilution (RED baseret) Rex locus | Rex Kromosom 7 Re/Re = Dobbeltrex Re/re = Rex re/re = wildtype Satin locus | Satin Kromosom * Sa/Sa = wildtype Sa/sa = wildtype, Satin bære sa/sa = Satin White Spotting locus | Dominant White Spotting Kromosom * Ws/Ws = Dominant White Spotting (DWS) Ws/ws = Dominant White Spotting (DWS) ws/ws = wildtype |
Referencer
- Levan G, Szpirer J, Szpirer C, Klinga K, Hanson C, Islam MQ. The gene map of the Norway rat (Rattus norvegicus) and comparative mapping with mouse and man. Genomics. 1991 Jul;10(3):699-718. doi: 10.1016/0888-7543(91)90455-n. PMID: 1889815 [Link]
- George J. Krinke. The Laboratory Rat 1st Edition. June 20, 2000. eBook ISBN: 9780080533469 [Link]
- Tsujimura T, Hirota S, Nomura S, Niwa Y, Yamazaki M, Tono T, Morii E, Kim HM, Kondo K, Nishimune Y, et al. Characterization of Ws mutant allele of rats: a 12-base deletion in tyrosine kinase domain of c-kit gene. Blood. 1991 Oct 15;78(8):1942-6. PMID: 1912577. [Link]
- Hoang Trung Hieu, Miyuu Tanaka, Mitsuru Kuwamura, Tomoji Mashimo, Tadao Serikawa, Takashi Kuramoto. The rat Downunder (Du) coat color mutation is associated with eye anomalies and embryonic lethality and maps to a 3.9-Mb region on chromosome 3. [Link]
- Kuramoto T, Hirano R, Kuwamura M, Serikawa T. Identification of the rat Rex mutation as a 7-bp deletion at splicing acceptor site of the Krt71 gene. J Vet Med Sci. 2010 Jul;72(7):909-12. doi: 10.1292/jvms.09-0554. Epub 2010 Feb 23. PMID: 20179389. [Link]
Hooded locus
Der er 6 alleler på Hooded locus. Dominansen er rangeret i den følgende orden: H > Hre > hi > he > hn > h. Dette locus er unikt, da allelerne på dette locus er semi-dominante, og interagere derfor med hinanden på en unik måde, sammenlignet med de andre loci.
Der er en misforståelse at der kun findes det dominante "H" og det recessive "h" allele på Hooded locus. De 6 aller man finder på dette locus nedarves derfor på sammen måde som alle andre alleler. Denne misforståelse stammer muligvis fra de artikler, hvor superscripttegnet blev brugt (og misforstået af læseren), og hvor de recessive alleler på et locus omtales som "modifiers". Modifiers beskriver ethvert allele, som er en mutation af det oprindelige gen. |
Der findes andre loci som interagere med Hooded locus. Disse loci er separate fra Hooded locus, men når de "aktiveres" samarbejder de med Hooded locus for at kreere en unik aftegning.
De loci som vi arbejder med i hobbyen er:
|
Referencer
- Hieu HT, Tanaka M, Kuwamura M, Mashimo T, Serikawa T, Kuramoto T. The rat Downunder (Du) coat color mutation is associated with eye anomalies and embryonic lethality and maps to a 3.9-Mb region on chromosome 3. Exp Anim. 2023 Feb 21;72(1):88-94. doi: 10.1538/expanim.22-0086. Epub 2022 Sep 19. PMID: 36123037; PMCID: PMC9978131. [Link]
Hooded locus oversigt
Et af de mest spændende loci hos rotten efter min mening er; Hooded locus. Det er er utrolig kompliceret gen, da genotype og fænotype ikke altid korrelerer med det forventede resultat. Resultaterne er altid forskellige, med små variationer, som gør aftegningen unik.
Castle undersøgte dette fænomen, og beskrev det som plus og minus selektion; plus for mere pigment, og minus for mindre pigment. Plate 1 viser Castle's egne resultater, og selvom det ikke er klart, hvilken specifikke alleler var til stede i linjen, udover H og h - der ser ud til at være tegn på hn allelet, dog er dette blot en mistanke, Plate 1 giver en rigtig fin idé om, hvad man kan opnå gennem selektion. Husk på at denne form selektion foretages over mange generationer, og man ser derfor ikke øjeblikkelig resultat. Grunden til at det kan være svært at fastslå den resulterende fænotype for er pga. den selektion, der tidligere er foretaget hos de rotter man arbejder med. Allelerne kan, bevidst eller ubevidst, være selektivt avlet til at udtrykke mere eller mindre hvid. |
Det er vigtigt at pointere, at hver genotype på Hooded locus ikke resultere i identiske fænotyper, og man vil se mange mismarked rotter! Oversigten er udelukket en guide til, hvad man kan forvente, men der er plads til variation, specielt i den Heterozygot kolonne.
Hooded locus |
Allele |
Homozygous genotype & fænotype |
Heterozygous genotyper & fænotyper |
Self allel |
H |
H/H = Self |
H/hi = English Irish, Berkshire & Irish H/he = Variberk, Berkshire & Irish H/hn = Variberk, Berkshire & Irish H/h = Berkshire, Irish & English Irish |
Irish allel |
hi |
hi/hi = English Irish |
hi/he = Variegated hi/hn = Variegated hi/h = Berkshire & Irish |
Extreme allel |
he |
he/he = Patched, Masked & BEW |
he/hn = Capped & Blaze Capped he/h = Bareback eller Variegated |
Notch allel |
hn |
hn/hn = Capped Notch |
hn/h = Bareback eller Variegated |
Hooded allel |
h |
h/h = Hooded Bemærk, at h/h ikke har Headspot eller Blaze |
- |
Eksempel på min egen selektion
På billedet ser man 26 rotter, som har genotypen hihi, altså homozygot for Irish allelet. De får derfor fænotypen English Irish, men vi kan se variation i mængden og placeringen af hvid. Selektionen af pigmenteringen i disse kuld var ikke foretaget bevidst, men derimod resultatet af ubevidste selektioner, da mit fokus lå på temperamentet. Den store variation er dog ikke ualmindeligt at se indenfor enhver aftegning. Ens for alle ungerne på billedet er, at de alle er mismarked, dermed menes at de ikke lever op til show standarden for English Irish, hvilket er den perfekte ligebenet trekant på brystet, hvide sokker og hvis hale tip. De afbilledet unger variere mellem at ligne enten Self, English Irish eller Berkshire. De første 2 unger i øverst række kunne fejlagtige været givet fænotypen Self, selvom ingen af disse er i stand til at producere Self (HH). Det kan være misvisende for potentielle købere, herunder opdrættere, hvis disse unger sælge som Self, og målet for opdrætteren er Self (HH). Det er altid vigtigt at holde sig til, hvad genetikken siger, og ikke altid, hvad øjnene fortæller, når det kommer til Hooded locus, og benytte "mismarked", hvis fænotypen ikke matcher genotypen. Personligt benytter jeg dog ikke mismarked som en beskrivelse i mine fænotyper, da det kan ses ud fra billederne. |
Aftegnings udkom oversigt
Min oversigt er ment som en guideline, og den kan derfor ikke forudsige aftegninger i kuldet med 100% sikkerhed, men den kan komme ret tæt på. Nogen aftegninger vil falde udenfor standarden, da alle aftegninger som tidligere nævnt kan selektivt avles til at have mere eller mindre hvid, og mismarked aftegninger vil udgøre hovedparten af udkommet.
Preview